İzmir Atatürk Lisesi ve Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi İktisat ve Maliye Bölümünden mezun oldu. Doktora için gittiği Fransa'nın Paris (Sorbonne) ve Poitiers Üniversitelerinde, emperyalizm, kolonyalizm, "azgelişmişlik", kalkınma ve kapitalizmden sosyalizme geçiş temaları üzerine çalışmalar yaptı.

Yedek subay olarak başladığı askerliğini "sakıncalı piyade" olarak tamamladı. 1979 yılında Akademik kariyere geçti.

Abant İzzet Baysal Üniversitesi İktisat Bölümü öğretim üyesi iken yazdığı Paradigmanın İflası (1991) adlı kitabından yargılandı, 20 ay hapis ve para cezasına çarptırıldı ve üniversiteden kovuldu. Haymana Cezaevi'nden tahliye olduktan sonra (Haziran 1995) Türkiye ve Orta-Doğu Forumu Vakfı'nı kurdu. Kurucularından olduğu Özgür Üniversite'yi, bu vakfın çatısı altına aldı. 1999'da yazdığı bir makaleden de 15 ay hapis ve para cezasına çarptırıldı. 27 Haziran 2002'de Kalecik Cezaevi'nden tahliye oldu. Çok sayıda kitap ve makalenin yazarı olan Başkaya, Fransızca ve İngilizceden çok sayıda kitabın çevirisini ve onlarca kitabın da editörlüğünü yapmıştır. Özgür Üniversite'nin başkanlığını yapmakta ve orada dersler vermektedir.

Yayınlanmış kitapları:

Paradigmanın İfası - Resmi İdeolojinin Eleştirisine Giriş; Çığırından Çıkmış Bir Dünya - Sosyal Sefaletin, Ekolojik Felaketin, Etik Yozlaşmanın Kökeni; YEDİYÜZ - Bir Devlet Geleneğinin Anatomisi; Yeni Paradigmayı Oluşturmak - Kapitalizmden Çıkmanın Gerekliliği ve Âciliyeti Üzerine Bir Deneme; Reel Atatürkçülük; Azgelişmişliğin Sürekliliği; Çevre Kapitalizmi ve Azgelişmişlik Süreci; Kalkınma İktisadının Yükselişi ve Düşüşü; Avrupa Merkezcilik, Bilim ve Sosyalizm; Küreselleşmenin Karanlık Bilançosu; Borç Krizi Üzerine Bir Deneme; Yenilgi Tuzağı; Sosyalizmin Geleceği (derleme); Seçilmiş Yazılar; Şeylerin Gerçeğini Söyleyebilmek; Akıntıya Karşı Yazılar;

Şeylerin Gerçeğini Söyleyebilmek; Sömürgecilik, Emperyalizm, Küreselleşme; Rant ve Savaş Kıskacında Türkiye Ekonomisi (Ömer Leventoğlu'yla birlikte); Yalan; Devletçilikten 24 Ocak Kararlarına - Türkiye Ekonomisinde İki Bunalım Dönemi.